El núcleo de este humedal está compuesto por un espejo de agua de superficie variable con una profundidad media de 2.9 metros, y en cuyo interior aparecen las islas de Olomega y Olomeguita, junto con algunos pequeños islotes ubicados en el sector sudoriental de la laguna.
En algunos meses de la época lluviosa, la laguna de Olomega recibe el agua del río Grande de San Miguel, la cual alimenta y drena la laguna. Además, en el interior de la laguna se crea grandes bancos flotantes de la planta invasora Jacinto de Agua, lo cual contribuye a la eutrofización de la laguna y dificultan el transporte acuático en la misma.
Los principales núcleos humanos se sitúan sobre las orillas de la ribera sur y al oriente de la laguna.
La laguna de Olomega sirve como área de alimentación y descanso de importantes concentraciones de aves acuáticas migratorias, entre las que se destacan hasta ocho especies de patos de la familia Anatidae. Al norte, y especialmente al noreste de la laguna, aparece una extensión considerable de pantanos herbáceos conectados más al norte con un parche de bosque estacionalmente saturado de alto interés biológico, conocido como La Chiricana.
La profundidad media de la laguna es de 2.9 metros. En la época lluviosa, aumenta notoriamente el nivel de la laguna y se inundan los pantanos aledaños gracias a los aportes de las quebradas estacionales ubicadas en el sur y de los afluentes permanentes del norte junto con el desbordamiento del río Grande de San Miguel, que pasa de receptor a suministrador de agua hacia la laguna.


Esta laguna fue bautizada como "La Esmeralda de América" por la poetiza nobel chilena, Gabriela Mistral y se encuentra a una elevación de 1.593 msnm.

Este humedal Ramsar se ha ampliado en su parte norte, incluyendo las lavas del Volcán de San Miguel, que están asociadas con la infiltración de agua a la laguna. En su parte media se encuentra la Laguna El Jocotal y al sur se han agregado lagunas estacionales y permanentes, así como un tramo del río Grande de San Miguel. Al Este y al Oeste se encuentran pastizales y cultivos de caña de azúcar. También incluye al Volcán Chaparrastique, conformado por la zona de contacto de las coladas de lava, matorrales, y vegetación primaria hasta 400 m de altura.
Dentro de este sitio Ramsar se ha incluido la Laguna San Juan, con una extensión de 200 ha, y ubicada a 12 km del área principal del humedal Ramsar.
Este sitio Ramsar es un complejo de humedales de agua dulce asociados a la llanura de inundación del río Grande de San Miguel y a la Laguna El Jocotal. Por esta razón, todo el humedal experimenta marcados cambios en el nivel del agua, dependiendo de la época lluviosa o seca así como de los incrementos en el nivel del río Grande de San Miguel.
La Laguna El Jocotal se expande y contrae invadiendo así los pantanos herbáceos, pastizales inundables y carrizales que la rodean. Entre la laguna El Jocotal y el río Grande de San Miguel aparece un bosque estacionalmente saturado, único en el país por contener varios cientos de hectáreas dominadas casi exclusivamente por árboles de Pimiento.
Figura 1. Límite del Sitio Ramsar Área Natural Protegida Laguna El Jocotal.
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